Совершенная Война переносит в мир, где противостояние между Ultimates и Ultimate X-Men перерастает в полномасштабный конфликт. События серии разворачиваются на фоне политического давления и страха общества перед мутантами — ответ, вызывающий цепь трагических решений и ошибок. Сюжет концентрируется на столкновении идеологий: подготовленная, высокотехнологичная команда правительственных супергероев против гибкой, но непредсказуемой группы мутантов, каждый из которых имеет собственную мотивацию и страхи. Автор рисует конфликт не только как физическое противостояние, но и как кризис доверия между людьми и теми, кто отличается от них.
Через насыщенные эпизоды сражений и драматические развязки серия показывает, как малейшее недопонимание может перерасти в крупную катастрофу: планы, основанные на секретной информации и манипуляциях, приводят к захватам, предательствам и неожиданным жертвам. Важной темой остаётся роль руководства и ответственности — кто вправе принимать решения о жизни миллионов, и чем останавливаются те, кто поднимает руку на собственных соотечественников. Финал оставляет пространство для размышлений о цене «безопасности» и о том, какие моральные компромиссы готовы принять герои ради спасения мира.